此套反滲透系統的污染物主要是有機物、膠體和微生物等物質，但污染不很嚴重，化學清洗的標準是產水流量降幅在10%左右的時候，就要進行化學清洗了，如果產水量降幅沒有達到10%的時候也要進行維護性清洗，總的來說平均清洗周期約3個月。由于系統污染的原因是有機物和碳酸鈣結垢，所以清洗的藥劑選擇上也主要是針對這些污染物，洗以復配藥劑為主，復配藥劑的組成為：NaOH(氫氧化鈉)+Na-
 SDS(十二烷基ben磺酸鈉)等藥劑，pH為12左右，清洗時間為6h左右;酸洗的清洗液為HCl(鹽酸)，pH 
為2~3，清洗時間為1h，清洗液的溫度為30℃;最后系統用非氧化性殺菌劑DBNPA進行殺菌清洗處理。系統清洗時進行單段清洗，每段都分三段流速進行清洗：開始的時候單支膜殼流速在5mm3/h(jian洗1h，酸洗為10min);然后單支膜殼清洗液流量為5mm3/h左右進行循環清洗(洗4.5h，酸洗40min的功能);最后用大流量進行沖洗，流量在10mm3/h左右(洗0.5h，洗10min)。每次化學清洗后開啟純水泵進行沖洗，直至清洗液被純水沖出為止。